2003年4月，学校召开了第十三次党代会，对建成高水平、有特色的多科性教学研究型大学进行动员部署。本次党代会的主题为：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面贯彻落实党的十六大精神和省委“两个率先”的要求，坚持解放思想，实事求是，与时俱进，开拓创新，努力实现我校在新世纪初的跨越式发展。大会围绕这一主题，总结了学校第十二次党代会以来改革、发展的成绩与经验，分析学校面临的形势与挑战，确定学校近三年和后五年改革与发展的战略目标、基本思路和任务。大会选举新一届党委会和纪委会，团结和动员全校党员与广大师生员工为把我校建成高水平、有特色、多科性教学研究型大学而努力奋斗。
会上，时任南京医科大学党委书记陈国钧同志作了题为《坚持与时俱进实现跨越式发展为建设高水平有特色多科性教学研究型大学而奋斗》的工作报告。
陈国钧指出，中共南京医科大学第十三次代表大会是在全党认真贯彻党的十六大精神，全面建设小康社会的新的历史阶段召开的；是在我校全体党员和师生员工开拓进取，努力实现新世纪跨越式发展的关键时刻召开的一次重要会议。报告对第十二次党代会以为的工作进行了回顾和总结，他表示，过去的十年，是一段不平凡的历程，在确保稳定，加快发展，提升水平，学校的走过了一段不平凡的历程，取得了令人鼓舞的成就：1、以体制创新推进内涵建设，学科和学位点建设取得明显成绩；2、以培养模式创新推进教育教学改革，人才培养质量不断提升；3、以科研项目带动基础理论和应用研究，科学研究水平显著提高；4、医疗服务和临床教学相互促进，附属医院整体实力明显增强；5、管理体制改革不断深入，教职工生活不断改善；6、重视培养和引进人才，师资队伍建设取得成效；7、围绕学校中心工作，思想政治教育和精神文明建设取得硕果；8、加强党的思想、组织和作风建设，党组织的创造力、凝聚力和战斗力明显增强。
陈国钧同志在报告中指出，面临新的形势和新的目标，要善于将党的十六大精神转化为发展思路，善于将“三个代表”重要思想转化为实际行动，坚持教育“三个面向”的方针，以与时俱进、开拓创新的精神状态，科学规划学校发展的新思路，努力开创学校事业发展的新局面：1、抢抓机遇，实现学校的跨越式发展；2、拓展国际合作，促进学校的跨越式发展；3、加快战略转型，实现学校可持续发展；4、构建“人才高地”，推进学校的跨越式发展；5、坚持教育创新，推动学校各项事业加快发展。
他希望全校共产党员和全体师生医护员工们，要紧密团结在党中央周围，高举邓小平理论伟大旗帜，全面贯彻党的十六大精神，努力实践“三个代表”重要思想，进一步解放思想，实事求是，与时俱进，开拓创新，为实现新世纪跨越式发展，赢得南京医科大学更加美好的明天而努力奋斗。