2017年9月28日，中国共产党南京医科大学第十六次代表大会在江宁校区召开。大会全面系统总结了第十五次党代会以来学校取得的主要成绩和经验，明确了学校今后五年及更长阶段事业发展目标和主要任务，对学校事业科学发展做出全面部署。
上午9点，中国共产党南京医科大学第十六次代表大会开幕式暨第一次全体会议举行。省委组织部、省委教育工委高度重视学校换届工作，委派督导组全程指导。督导组组长、常州大学原党委书记史国栋同志，督导组成员省纪委离退休干部处处长江明生同志、省委组织部干部五处副处长沙晰清同志、省教育厅人事处魏锡源同志出席会议，全体代表参会，大会特邀非党员校领导、离退休老领导、各民主党派和统战团体负责人、在宁附属医院主要领导出席，全体中层干部列席会议。开幕式由校长沈洪兵主持。
校党委书记王长青致开幕词，代表大会主席团向莅临大会的督导组领导，表示热烈的欢迎！向出席大会的学校历任老领导致以崇高的敬意！向长期以来与学校党委肝胆相照、并肩奋斗的广大民主党派和无党派人士表示衷心的感谢！向在宁附属医院特邀嘉宾、各位正式代表、列席代表表示诚挚的问候！向支持、关心学校改革发展的各级领导、各界人士，向长期以来同心同德、无私奉献的全校共产党员和全体师生医护员工表示崇高的敬意和衷心的感谢！
学校各民主党派和统战团体、兄弟高校东南大学发来贺信。学校各民主党派和统战团体在贺信中表示，面对新任务新征程，将继承和发扬优良传统，一如既往自觉坚持中国共产党的领导，一如既往同中国共产党肝胆相照、荣辱与共，在新一届党委的领导下，为建设国际知名、特色鲜明的高水平研究型医科大学而努力奋斗。东南大学在贺信中强调，作为战略合作高校，诚挚地期待两校进一步深化合作，为中国高等教育事业发展、实现“两个一百年”奋斗目标和中华民族伟大复兴的“中国梦”做出更大贡献。
在第一次全体会议上，校党委书记王长青代表中共南京医科大学第十五届委员会向大会作题为《聚焦立德树人 聚力内涵建设 开启高水平研究型医科大学建设新征程》的工作报告。
王长青指出，中国共产党南京医科大学第十六次代表会是在我校加快创建高水平研究型医科大学的关键阶段召开的一次重要大会。报告对第十五次党代会以来的工作进行了回顾与总结。过去五年，是把握社会主义办学方向、办学治校能力持续增强的五年，是把握全面深化改革要求、体制机制活力持续增强的五年，是把握提升办学质量主题、综合办学实力持续增强的五年，是把握创建幸福校园主题、师生幸福体验持续增强的五年，是把握全面从严治党要求、党委核心作用持续增强的五年。回顾五年来的工作，总结起来，有四条宝贵经验值得我们继承和弘扬：必须坚持正确办学方向不动摇；必须坚持聚焦内涵发展不松劲；必须坚持人才队伍建设不停步；必须坚持全面从严治党不懈怠。当前，高水平研究型医科大学建设面临新形势新机遇，要高举中国特色社会主义伟大旗帜，深入学习习近平总书记系列重要讲话精神和治国理政新理念新思想新战略，牢牢把握国家“双一流”、江苏高水平大学建设以及部委省共建的新机遇，围绕高水平研究型医科大学建设目标，努力实现校内体制改革推出新举措，人才队伍建设打开新局面，科技创新体系建设取得新突破，临床医疗服务能力实现新提升，加快转型发展、特色发展、创新发展、开放发展、和谐发展，不断开创高水平研究型医科大学建设新局面，为实现中华民族伟大复兴“中国梦”和“强富美高”新江苏贡献智慧和力量。
王长青在报告中指出，未来五年，是创建高水平研究型医科大学的关键阶段。要强化政治引领，开创立德树人新局面；要坚持办学定力，构筑特色发展新优势；要坚持深化改革，激发创新发展新活力；要坚持内涵优先，铸就办学水平新高地；要坚持以人为本，打造幸福南医新品质。在推动高水平研究型医科大学建设的历史进程中，必须旗帜鲜明讲政治，强化党委的领导核心地位，充分发挥基层党组织的战斗堡垒和共产党员的先锋模范作用，要全力提升党员干部的执行力，全力推进思想建党和制度治党，全力加强反腐败斗争和廉洁建设。
校纪委书记石金楼同志代表中国共产党南京医科大学纪律检查委员会作题为《坚持全面从严治党 维护良好政治生态 为建设高水平研究型医科大学提供重要保障》的工作报告。五年来，本届纪律检查委员会完善责任体系，两个责任不断压紧压实；严明党纪党规，作风建设不断深化；聚焦主责主业，认真践行监督执纪“四种形态”；织密制度笼子，权力运行的制约监督机制不断强化；丰富教育载体，“崇廉尚洁”文化氛围日趋浓厚；依法依规，审计监督工作不断加强；强化自身建设，打造过硬纪检监察队伍。回顾五年来我校党风廉政建设和反腐败工作，深刻体会到：必须坚决贯彻落实全面从严治党要求，向党中央看齐；必须紧紧围绕全校工作大局，履职尽责；必须严格落实党委主体责任，以上率下；必须坚持挺纪在前，惩前毖后、治病救人；必须建立健全教育、制度、监督并重的惩防体系，才能从源头上预防和治理腐败。今后五年，我校纪检监察工作将压紧压实“两个责任”，深入推进全面从严治党；严明党的纪律规矩，坚决维护风清气正的政治生态；进一步聚焦主责主业，不断提高监督执纪问责水平；持之以恒纠正“四风”，努力构建清廉文明的校园新风；打铁还需自身硬，打造忠诚干净担当的纪检干部队伍。
下午召开了各代表团会议及代表团团长会议，主席团第二次、第三次会议，以及第二次全体会议，通过了党委工作报告决议（草案）、纪委工作报告决议（草案）、“两委”候选人名单、大会选举办法以及总监票人、监票人、总计票人、计票人名单，选举了新一届党委会、纪委会委员，推选了党委、纪委第一次全委会召集人。
本次大会闭幕式由校长沈洪兵主持。会议报告了选举计票结果，宣布27名同志当选为学校新一届党委委员，11名同志当选为学校新一届纪委委员，并通过了“两委”工作报告决议。