抗战爆发后，国民政府迁渝，大量难民涌入，加之药品物资极需，学校建立研究机构，开展寄生虫病防治，推动战时医学研究工作，解除民众疾苦。1942年，学校成立医学研究所，下设寄生虫学部，后改组成寄生虫学研究所，由部聘教授洪式闾任主任，推动着中国早期公共卫生事业的发展。1942年，国民政府教育部批准学校成立医学研究所，下设寄生虫学部，后改组成寄生虫学研究所，由部聘教授洪式闾任主任。同年8月，医学研究所开始招收硕士研究生，开创了学校研究生教育的先河。
医学研究所寄生虫学部
寄生虫学部和重庆陕区地方医院合作开展寄生虫防治工作
1945年，寄生虫学部李非白、杨复曦技师的论文《蠕虫透明标本制作新法》（A Medium For Mounting Parasitic Helminth)发表在《自然》杂志156卷上，这是学校第一篇发表在《自然》杂志上的论文
新中国成立后，学校积极响应党和国家的号召，派出多批血吸虫防治（简称血防）医疗队救治部队指战员和普通民众。1950年2月，学院组织了以邵象伊、许本谦、赵慰先为正、副队长的血吸虫病防治队，赴浙江为部队招战员防病治病。1951年1月，许本谦教授、赵慰先副教授率领师生186人赴上海郊区防治血吸虫病。同时，广大师生在苏北及镇江周边开展血吸虫防治工作。
为解放军防治血吸虫病的学校师生凯旋
解放军同志向学校血防队赠送锦旗
南京医学院寄生虫病研究在全国处于领先地位；图为1958年卫生部下达学校关于报送国家计划血吸虫研究题目的通知
我国寄生虫领域的开拓者赵慰先教授参加毛主席的接见
1983年，赵慰先教授主编的200万字专著《人体寄生虫学》由人民卫生出版社出版，1996年获卫生部科技进步二等奖；
后由吴观陵教授接任主编的《人体寄生虫学》第四版（2013年）被评为“国家新闻出版总署十二五重点出版物”